Il Complesso Museale dell'Abbazia si sviluppa nei piani inferiori articolandosi su tre livelli. Dopo aver disceso diciotto gradini, si giunge al primo livello che custodisce un Presepe permanente composto prevalentemente da antichi pastori di scuola napoletana del XVIII secolo, in legno e terracotta.
Adiacente al presepe, vi è la Cappella della Madonna del Rosario dove si trovano alcune statue del XIX secolo e la Vergine del Rosario, opera del XVIII secolo che reca tra le dita un unico grano della corona un tempo completa. Lungo il percorso che conduce al secondo livello, si trova la vetusta e pregiata Biblioteca. Non vi è traccia alcuna di testi risalenti al periodo benedettino e si può quindi dedurre che, nel lasciare l'isola intorno alla fine del XV secolo, i monaci portarono con sé la biblioteca e l'archivio. La biblioteca dell'Abbazia Commendata è nata dunque verso la metà del XVI secolo ad opera del Cardinale Innico d'Avalos d'Aragona e successivamente del Cardinale Roberto Bellarmino.
Molti sono i testi degni di nota e il più antico risale al 1534.
Procedendo lungo il percorso, si giunge nella Cappella di San Michele che offre la suggestiva raffigurazione dell'Immacolata Concezione, affrescata nel XVIII secolo sul soffitto a volta.
La Cappella, prende il nome da un altare sul quale si trova una statua di San Michele donata all'Abbazia nel 1811 da procidani emigrati a Palermo. Qui, è inoltre possibile ammirare un prezioso organo del XVIII secolo.
Discendendo due rampe di una scala scavata nella roccia e logorate dal tempo, si giunge nella Cappella di Sant'Alfonso che un tempo ospitava la Confraternita dell'Addolorata, fondata nel 1733 da Sant'Alfonso Maria de'Liguori e indicata con il duplice nome di "Segreta" e "dei Rossi".
Nella Cappella di Sant'Alfonso, notevole è la struttura lignea che si sviluppa lungo tutto il perimetro dell'ambiente così come il prezioso organo del XVIII secolo. Sull'altare della cappella, inoltre, si trova una splendida Deposizione di Cristo del 1746, ad opera di Domenico Guarino.
Un elemento assai originale è costituito, in questo luogo, da tre bare finemente intagliate, utilizzate per allestire quella che si potrebbe definire una sorta di camera ardente. L'ultimo livello è costituito dall'ossario, il primordiale luogo di sepoltura dell'isola. Ad esso si accedeva attraverso alcune botole che sono tutt'ora visibili. Qui, un trattamento particolare era riservato ai cadaveri: i corpi erano messi a "scolare" e tale operazione, permettendo ai liquidi della decomposizione di defluire, consentiva l'essiccamento della salma. Nell'ambulacro di mummificazione è ancora possibile vedere resti umani incartapecoriti. All'interno dell'ossario vi è anche la fossa comune consistente in un enorme scavo a forma di otre. Essa fu tumulata definitivamente nel 1968.
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